अफ्रीकी देशों में पारंपरिक अफ्रीकी धर्मों को ईसाइयों और कट्टरपंथियों के उत्पीड़न का सामना करना पड़ा है। इन धर्मों के अनुयायियों को बलपूर्वक इस्लाम और ईसाई में परिवर्तित कर हाशिए पर डाल दिया गया है। इन धार्मिक अत्याचारों में हत्याएं, युद्ध छेड़ना, पवित्र स्थानों को नष्ट करना और अन्य अत्याचार शामिल हैं। इस्लाम की स्थापना के बाद इसके तेजी से विस्तार और विजय ने पारंपरिक अफ्रीकी धर्मों को या तो धर्मांतरण या विजय से विस्थापित कर दिया। पारंपरिक अफ्रीकी धर्मों ने अफ्रीका में इस्लाम को प्रभावित किया है और इस्लाम को पारंपरिक अफ्रीकी धर्मों के साथ अधिक समानता के रूप में माना जाता है, लेकिन एकेश्वरवादी रुख और आस्किया जैसे मुस्लिम सुधारकों के उदय के कारण यहाँ अनेकों नरसंहार हुए ।
सेनेगैम्बिया क्षेत्र में अपने प्राचीन धार्मिक अतीत के साथ एक मजबूत संबंध रखने वाले सेरर लोग, 11 वीं से 19 वीं शताब्दी तक इस्लामिक जिहाद और उत्पीड़न का लक्ष्य बन गए, जिसके परिणामस्वरूप फैंडेन-थियोथियोने की लड़ाई हुई। लगभग उसी समय (11वीं शताब्दी से), समान रूप से प्राचीन धर्म वाले माली के डोगोन लोगों को भी मुसलमानों के उत्पीड़न का सामना करना पड़ा जिससे उन्हें अपनी मातृभूमि छोड़नी पड़ी और बांदीगरा ढलान तक जाना पड़ा।
1900 में अधिकांश उप-सहारा देशों ने स्वदेशी अफ्रीकी धर्म का एक रूप अपनाया। परन्तु, आज ईसाई 7 मिलियन से बढ़कर 450 मिलियन हो गए हैं और ईसाई और इस्लाम प्रत्येक अफ्रीकी देश की आबादी का लगभग 40% प्रतिनिधित्व करते हैं। ईसाई धर्म दक्षिण में अधिक प्रभावशाली है, जबकि इस्लाम उत्तर में अधिक प्रभावशाली है। ओलुपेना का कहना है कि अफ्रीका के मध्य भागों में अफ्रीकी प्रथाएं सबसे मजबूत हैं, हालांकि, इन मान्यताओं के कुछ रूप महाद्वीप में कहीं भी पाए जा सकते हैं और केवल लगभग 10% आबादी ही अभी भी पूरी तरह से अफ्रीकी स्वदेशी धर्मों का पालन करती है।
श्वेत देशों द्वारा दास व्यापार का एक लाभकारी प्रभाव पड़ा है। स्वदेशी अफ्रीकी धर्म संयुक्त राज्य और यूरोप सहित पूरी दुनिया में फैल गए हैं और जड़ें जमा चुके हैं। इन देशों में रहने वाले अफ्रीकी प्रवासी द्वारा इनका अभ्यास किया जाता है। पारंपरिक अफ्रीकी धर्म अन्य देवताओं के प्रति सहिष्णु हैं, जो कई धर्मों के लिए सामान्य सह-अस्तित्व की अनुमति देता है। कुछ लेखकों ने इसे अफ्रीका में अन्य धर्मों के उदय के पीछे एक और कारण माना है। पारंपरिक धर्मों के अधिकांश अनुयायियों ने अफ्रीका में इसके प्रसार की शुरुआत के दौरान इस्लाम को समायोजित किया, लेकिन बदले में इस्लाम ने पूरे अफ्रीका को बड़े पैमाने पर युद्ध और नरसंहार से भर दिया। यहां तक कि अफ्रीकी समुदायों को भी इस्लामी वर्चस्व के प्रति ऐतिहासिक शत्रुता से भर दिया।
कई उदाहरणों में, परस्पर विरोधी समूहों ने अन्य अफ्रीकी समुदायों के खिलाफ मुस्लिम सेनाओं के साथ गठबंधन करना चुना। ‘फूट डालो और राज करो’ की ये रणनीति काम कर गई। पर, इस रणनीति के फलस्वरूप उदय हुआ धर्म द्वारा अनुसंशित युद्ध का। इस्लाम और पारंपरिक अफ्रीकी धर्मों के संबंध शत्रुतापूर्ण से बहुत दूर थे, लेकिन आवास और सह-अस्तित्व से अधिक परिभाषित थे। जिहाद की परंपरा एक मामूली विषय बनी रही। सोंगई साम्राज्य में, शासक सोन्नी बारू ने अफ्रीकी पारंपरिक धर्मों के पहलुओं को रखा या समन्वित किया और अस्किया द्वारा चुनौती दी गई क्योंकि उन्हें एक वफादार मुस्लिम के रूप में नहीं देखा गया था। आस्किया बाद में उन लोगों के खिलाफ युद्ध छेड़ेंगे जो राजनीतिक रूप से गुटनिरपेक्ष मुस्लिम और गैर-मुस्लिम थे।
सैफावा वंश के दुनामा डब्बालेमी के इस्लाम में परिवर्तित होने के बाद, उन्होंने कनुरी धर्म के समर्थकों के खिलाफ जिहाद छेड़ दिया और उपस्थिति को नष्ट करने का सतत प्रयास करते रहें। स्वाहिली तट में अफ्रीकी लोगों को मुसलमानों को उपदेश, उपनिवेश या जिहाद में कोई दिलचस्पी नहीं थी। पर, 18वीं शताब्दी तक इस्लाम इंटीरियर में फैल गया। मोलेफी असांटे ने नोट किया कि इस्लाम धर्म ने प्रत्येक मुस्लिम व्यापारी या यात्री को एक मिशनरी या उलेमा बना दिया और अफ्रीकी धर्मों की समानता, वैभव और समन्वयता को नष्ट कर अफ्रीकी महाद्वीप में धर्म और धर्मांतरण का युद्ध छेड़ दिया।
नाइजर डेल्टा के शुरुआती ईसाई जो स्वदेशी जनजातियों के रीति-रिवाजों और परंपराओं के खिलाफ थे, उन्होंने उनके मंदिरों को नष्ट करने और पवित्र मॉनिटर छिपकलियों को मारने जैसे अत्याचार किए। अफ्रीका के यूरोपीय उपनिवेशीकरण ने अफ्रीका में ईसाई मिशनरियों का मार्ग प्रशस्त किया है। नाइजीरिया की तरह, घाना में भी इस्लामी और ईसाई प्रचार की गतिविधियों को देखा गया है।
एक शोध अध्ययन से पता चला है की घाना के मध्य क्षेत्र में नकुसुकुम-एकुमफी-एन्यान पारंपरिक क्षेत्र में ईसाई धर्म और इस्लाम की स्थापना, प्रचार और मिशनरी गतिविधियों के परिणामस्वरूप, मुख्य रूप से अफ्रीकी पारंपरिक धर्म (एटीआर) से स्वदेशी लोगों का काफी बड़े पैमाने पर धर्मांतरण हुआ। इन अप्रवासी धर्मों की धार्मिक मान्यताओं, प्रथाओं और सामाजिक सेवाओं के प्रावधान ने पारंपरिक समुदायों के धार्मिक और सांस्कृतिक जीवन को प्रभावित किया है ।
ईसाई और इस्लाम ने अफ्रीका के पारंपरिक समुदायों के सांस्कृतिक और धार्मिक जीवन पर प्रतिकूल प्रभाव डाला है। ऐसा इसलिए है क्योंकि पारंपरिक समुदायों की विश्वास प्रणाली यह है कि:
…मनुष्य इस संसार में अकेले नहीं रहते, प्रकृति के साथ मनुष्य के घनिष्ठ संबंध की भावना है। मानवता, जानवर और पौधों का “ब्रह्मांड में एक स्वतंत्र भाग के रूप में अपना अस्तित्व और स्थान है। ऐसे आध्यात्मिक प्राणी भी हैं जो मानव जाति से अधिक शक्तिशाली हैं और यह अफ्रीकियों को परमात्मा और इन आध्यात्मिक शक्तियों के साथ आत्मीयता की तलाश करने के लिए खोलता है। इस प्रकार धार्मिक आस्था जीवन के सभी क्षेत्रों में फैली हुई है और उन्हें अर्थ और महत्व से भर देती है।
इस सोच को अब्रहामिक धर्मों ने ध्वस्त कर दिया। दोनो धर्मों में अपने अनुयायियों को बढ़ाने की होड़ मची हुई है। इस्लाम और ईसाई धर्म ने अफ्रीका के पारंपरिक समुदायों के जीवन को नकारात्मक रूप से प्रभावित किया है जबकि पारंपरिक अफ्रीकी विश्वास प्रणाली ने ईसाइयों और मुसलमानों के बीच संबंधों पर लाभकारी प्रभाव डाला है और दो धर्मों के बीच शत्रुता को कम करने में मदद की है।
जैसा कि वैदिक विद्वान जेफरी आर्मस्ट्रांग कहते हैं की ईसाई धर्म ने अफ्रीका, भारत और अन्य स्वदेशी संस्कृतियों को पूरी दुनिया में नष्ट कर दिया। ईसाई धर्म के प्यार के नाम पर गुलामी और यातना को अंजाम दिया गया। अब समय आ गया है कि इस्लाम और ईसाई धर्म दुनिया पर अपने दृष्टिकोण को लागू करने के लिए बल और विनाश का उपयोग करना बंद कर दें।